환자는 검사전 왼쪽으로 누운 자세를 취합니다. 대장 내시경을 삽입하기 전에 손가락으로 항문을 검사하고 젤리를 발라 내시경이 잘 삽입되게 합니다.

항문으로 들어간 내시경은 대장의 모든 부위를 지나서 충수 부위의 맹장까지 이르게 됩니다. 이 모든 검사에 소요되는 시간은 대개 30분 정도 됩니다. 대장 내시경 검사시 통증은 거의 없고 필요하다면 진통제를 투여 할 수 도 있습니다. 검사를 시행할 때 들어간 공기로 인하여 다소 불편감은 있을 수도 있으며 굴곡 부위를 통과할때 약간의 뻐근한 감이 있을 수 있습니다.

하지만 일시적인 증상으로 걱정하지 않으셔도 됩니다. 대부분의 내시경 검사는 검사후 즉시 진단을 내릴 수 있으므로 환자는 그 자리에서 결과를 바로 알 수 있습니다. 그러나 내시경을 통한 조직 검사를 한 경우에는 그 결과가 보통 1주일 후에 나오게 됩니다.